Las fluctuaciones de temperatura en el fermentador y las breves cargas elevadas en el sistema debido a la adición intermitente de grandes cantidades de material orgánico perjudican el proceso de producción de biogás, lo que provoca fluctuaciones en el contenido de metano. Además, hay una velocidad de formación de gas desigual, que a su vez conduce a altas concentraciones de sulfuro de hidrógeno, ya que la cantidad de aire introducido para la desulfuración generalmente no se adapta a la cantidad de gas que se está formando actualmente. Por esta razón, los intervalos de carga deben mantenerse lo más cortos posible. Ciertas técnicas de alimentación (eje de inyección, tornillo de alimentación con embudo) requieren mucho tiempo de trabajo del operador. Particularmente, en plantas grandes de biogás, se prefieren sistemas que permitan una cierta cantidad de almacenamiento, a través de los cuales el proceso de alimentación pueda automatizarse en gran medida.
Las soluciones técnicas van desde los sistemas controlados por tiempo y masa para la alimentación de sólidos hasta las bombas adecuadamente controladas.
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